Die Wasserkirche ist der Ort, wo im Mittelalter die Hinrichtungsstätte der Stadtheiligen Felix und Regula verehrt wurde. 1940/41 fanden hier archäologische Ausgrabungen statt, die seither besichtigt werden können. Der Raum wurde 2006 neugestaltet. Eine erste Kirche im 10. Jahrhundert, ein vornehmer Bestattungsort im Hochmittelalter, der sagenumwobene Märtyrerstein: die archäologische Krypta bietet Einblick in die reiche Geschichte der Wasserkirche. An der mehrsprachigen Hörstation können die Leidensgeschichte von Felix und Regula und weitere Gründungslegenden der Stadt Zürich gehört werden.